Un fusible NO PROTEGE DE CORTOS, la idea de un fusibe es evitar incendios electricos debido a la sobrecorriente generada durante el corto, pero en el caso del puerto USB se encuentra limitado a 100 o 200 mA por medio de una circuiteria especial, sin embargo esto tampoco quiere decir que la motherboard se encuentre completamente protegida
La mejor forma de proteccion es poner optoacopladores, pero eso eliminaria la posibilidad de usar la alimentacion del puerto USB y te obligaria alimentarlo en forma externa... Otra cosa que puedes hacer es poner optos en las señales de D+ y D- y un diodo rectificador estandar en la señal de Vcc para evitar inversiones accidentales de la fuente
Tambien lo mejor es hacer calculos preliminares para que los circuitos que conectes no usen mas de 100mA, de lo contrario el circuito tiene que pedir autorizacion al computador para que le habilite la posiblilidad de usar mas corriente