Duda Compilar proyecto Quartus II

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Buenas tengo una duda sobre el programa Quartus II

Me han pasado un proyecto en Quartus II, usando el procesador NIOS II
A parte de todos los archivos vhdl que tiene el proyecto,
usa el socp builder para enlazar los bloques con el procesador,
hasta aqui todo bien.

MI pregunta es,
si yo modifico alguno de estos bloques o archivos vhdl..
que he de hacer primero voler a generar el archivo que da el socp builder y luego compilar el proyecto?
o al reves,

compilar y luego generar el archivo que da el sopc builder?'

Muchas gracias,
espero vuestras respuestas.
 
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