Bueno, para crear el archivo te recomiendo lo hagas en matlab.
Tiene que ser una matriz de (al menos) 2 filas. En la 1ra fila va tiempo, en las siguientes los valores de las variables correspondientes a ese tiempo.
fila 1 = tiempo = 0 0.1 0.2 0.3 0.4
fila 2 = variable1 = 15 12 8 -6 0.453
fila 3 = variable2 = -------------------------------- (llenar con los valores que quieras)
-----
fila n = variablen = --------------------------------
suponiendo que sea una sola variable a ingresar al simulink, escribís en el matlab
A = [0:0.1:0.5; valoresVariable];
save nombrearchivo A
Ahí ya tenes un archivo con la matriz guardada.
En simulink metés el bloque Simulink -> Sources -> from file
y para verificar meté un Scope (Simulink -> Sinks-> Scopes)
Abrí el bloque FromFile y especificá el nombre de archivo que creaste, y un tiempo de muestreo que sea igual al que usaste en la matrriz A. Si no lo ponés igual pasa lo siguiente en el Scope te van a aparecer valores nuevos de tiempo y el valor de la variable en ese instante va a ser la interpolación lineal de los valores adyacentes.
En castellano: si los tiempos de A vienen [... 4 5 6 ... ] y la variable viene [... 6 5 4...] y en el bloque FromFile especificas tiempo de muestreo = 0.5 (en vez de 1 que es el tiempo de muestreo de la matriz) en el scope vas a ver [... 4 4.5 5 5.5 6 ...] como tiempos y [... 6 5.5 5 4.5 4...] como valores de la variable.
Después, una vez que metiste el FromFile le hiciste todo el procesamiento que quisiste en el Simulink, y querés guardar el resultado en un archivo, podés usar el bloque ToFile.
Si entendiste bárbaro, sino avisame que pego unas figuras.
Saludos