Ok ya sabiendo esto lo que puedes hacer es revisar como estas los pulsos de disparos que llegan a los GTO, que para un circuito de estas magnitudes debe tener uno por GTO, no estoy muy familiarizado con estos esquemas para GTO pero lo que si estiy seguro es que estos se activan con un voltaje positivo y se desactican con uno negativo, si tu puedes mirar cada pulso de disparo, recuerda que son 6 para que te hagas una idea de como son estos disparos, yo deje un enlace en la sección de esquemas y planos, estos son con modulos IGBT, pero el principio es el mismo solamente que a una frecuencia mucho menor yo supongo que por ser una potencia muy grande la frecuencia portadora del PWM no debe ser mayor de 2Khz, yo te sugiero que los revises con el osciloscopio, todos los pulsos y revises la forma de estos, en algunos modelos del puente trifasico los pulsos que va al lado negativo no son iguales a los del lado positivo, pero tanto los 3 del lado positivo como del lado negativo tienen que ser iguales es decir los (-) tienen que ser iguales y los (+) tienen que ser iguales en su forma de onda(sabiendo que tienen un desfase 120º electricos.
No te asustes si ves mas de 6 GTO lo que hacen con esta conexion es que al colocar GTO en paralelo es aumentar capacidad en corriente, igual para c/u de ellos debe haber un circuito de disparo.
Saludos
