Es muy dificil de responder.
Yo comence con Xilinx, despues estuve 8 anios trabajando exclusivamente con Altera y ahora volvi a Xilinx. Los cambios no fueron por decision propia sino por los lugares de trabajo en los que estuve.
Si es por empezar, cualquiera de los dos es muy bueno para empezar aunque para mi, hoy por hoy Xilinx le lleva la delantera a Altera.