Buenos días Killthebayonet1
El término "Calentarse" es muy relativo...
Todo componente que realiza un trabajo se calienta.
Los transistores, dependiendo de la función que estén realizando, SIEMPRE se calentarán en mayor o menor medida.
Esta temperatura puede ser cualquiera desde unas décimas de grado hasta varias decenas de grado.
Un circuito bien diseñado debe de mantener la temperatura en unos márgenes de seguridad que aseguren la integridad de todos sus componentes.
En la foto que muestras no se puede sacar ninguna conclusión, no se ve que tipo de componentes son, únicamente se ve que son en encapsulado TO220.
Comentas que cuando está funcionando, llega un momento que deja de hacerlo y si quitas la tapa funciona de nuevo.
¿Lo estás alimentando adecuadamente?. Una alimentación inadecuada puede provocar que se caliente en exceso.
Si todo es correcto, puedes poner unos pequeños Disipadores en los dos componentes que se calientan.
Intenta decirnos qué pone en esos componentes, de esa forma sabremos si son Transistores, Reguladores...
Sal U2