¿Que programa empleas para abrirlo y para darle formato pdf? Ya que así se te podría llegar a encontrar una solución si es que se trata de un problema de configuración de salida a pdf, o de última, no sé, a lo mejor usando un conversor a pdf aparte, que tome el formato de tu trabajo y lo convierta a pdf (siempre con una debida copia de seguridad, para realizar los ensayos).
puff, yo también llegue a tener problemas similares con el cad en su momento, aunque bueno, en otro tipo de diseños.