Si te refieres al formato .bdf, creo que si, que se lo puede convertir en VHDL. Pero la verdad no lo he usado mucho a ese formato, yo prefiero escribir todo en VHDL.
Ten en cuenta que lo unico que hace el diagrama en bloques es representar la conectividad. A algunos les resulta mas facil de visualizar el ver las conexiones entre bloques.
Yo no le veo la ventaja, pero se ve que es cuestion de gustos.
Que es lo que quieres hacer? Yo diria que lo mas simple es que lo intentes.
