En el Arduino, simplemente la placa lleva un puerto serie, se conecta al PC, se abre el programa de programación del bootlader, y ya está. Suponiendo que te compres un Arduino programado, ojo.
Uno de los éxitos del Arduino precisamente está en que no necesita programador.
Por otra parte, si vas a trabajar en serio, te recomendaría un depurador en circuito, como el AVRDragon, que además de programar, te permite ver el estado interno del chip, ejecutar el programa paso a paso, poner puntos de ruptura, depurar, etc. Por menos de 60€.
Para PIC supongo que habra algo parecido.