En tal caso (que es por donde yo tiraría también), lo que necesitas es un detector de paso por cero que te genera una interrupción.
Entonces, dentro de la interrupción pones en marcha un timer que contará el tiempo de espera en que la salida está inactiva, hasta que este timer expire y active la salida. Entonces el micro se parará esperando a que llegue la siguiente interrupción de paso por cero, donde desactivará la salida y reiniciará el ciclo.
El 'truco' está en calcular tanto el tiempo como la base de tiempos del temporizador, que por cierto, podría trabajar en modo normal. Te recomiendo usar, si es posible, un timer de 16 bits, y una base de tiempos que te pueda contar hasta 10000 en 10 milisegundos, lo cual te daría resoluciones de 1 microsegundo. Es decir, te dividiría el semiciclo en 10000 partes. Eso, si no me falla la memoria, se puede conseguir usando un prescaler que te divida por 8, con un reloj de 8MHz, o sin prescaler con un reloj de 1MHz (probablemente más que de sobras).
