Comunicación con atmega328

Hola gente. Soy bastante novato en esto de los microcontroladores (suelo trabajar con la placa de Arduino) y quería saber si hay algún modo de establecer una comunicación serial entre la computadora y un atmel328p de forma similar a como se hace con Arduino.
 
Hola, no entiendo bien que queres hacer:
  1. Seguir programando el 328p usando la interfaz de Arduino, programarlo usando la placa Arduino pero no usarlo en la placa Arduino(Mega/UNO) y montarlo en otra.
  2. Dejar de usar completamente la interfaz de Arduino, programar con otra interfaz/lenguaje, quemarlo con otro programador y montarlo en otra placa.
De las dos formas vas a poder lograr comunicar la PC con el micro, el tema está en los detalles de que herramientas vas a usar. Danos mas detalles de que herramientas tenes o como lo queres hacer.
 
Puedes usar los pines UART del 328 para realizar esa conexión serie, pero ten en cuenta que los niveles de tensión del 328 son los típicos de 0 a 5 V (TTL). Necesitas un adaptador a los niveles de tensión de una conexión serie. Lo normal hoy en día es usar algo como un FT232RL, que es un conversor de señal serie con niveles TTL a USB. Y la programación, claro. Aquí tienes un tutorial que reúne todos los pasos.

ATmega328P to PC Serial Communication using USART Tutorial
 

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