Hola :
Yo soy electricista industrial , te digo mi punto de vista.
El unico problema que vas a tener si lo desmontas , es que las chapas nunca volveran a tener la cohesión que traian de fábrica , por lo que tendrás ruiditos ( tractor ) como si fuese una reactancia vieja.
El que se oxide o no dependerá del tipo de férrica del trafo en cuestión.Ten en cuenta que vienen bañados en barniz , asi que tal como lo quites estaras exponiendo el hierro a los elementos.Echales CRC o algo asi hasta que las vayas a montar de nuevo.Te lo digo yo que he desbobinado trafos de muchos tipos.
Desconozco ese sistema del agua , pero los de chapas E o F son como un puzzle de madera.Hay una de las chapas que si la sacas , caeran las demas por su peso.
Supongo que esos trafos de nucleo de ferrita son para poca potencia , porque ( al menos en mi pueblo ) la potencia de la imanación en el nucleo es directamente proporcional al numero de piezas , y no solo al peso de las mismas .
Si lo piensas hacer , te recomiendo que escojas uno de los que llevan las chapas atornilladas.Si te hacen ruidos despues , siempre puedes apretar mas.Aun asi te recomiendo tomar buena nota pesando la chapa o contando las piezas.Si te faltan chapas , le estas quitando capacidad.
Espero haberte orientado de alguna forma.