Los cálculos para un transformador de alta tensión son los mismos que para un transformador de baja tensión.
La gran diferencia es la aislación, que necesita toda una serie de precauciones.
Un transformador de 45kV como dijiste antes no te bobina cualquier bobinador (menos vos en tu casa). Bah... te lo bobina y te lo cobra, pero cuando lo hagas trabajar va a ser puro arco entre espiras
Es tema lo arrancaste queriendo controlar el ángulo de disparo de un triac, y por lo visto es con lo que pretendés regular la tensión en el precipitador.
La secuencia de diseño que estás haciendo es exactamente al revés de la que hay que hacer, porque el cuello de botella es el transformador de alta tensión y su rectificado, no como regular la salida.
Primero tenés que definir eso, y es eso lo que definirá la regulación a usar.
Un consejo: Por más que 12kV @ 5mA min sean los datos de un equipo comercial, vos no podés saber cuanto es lo que realmente necesitás, porque eso depende de como se dispongan las placas y las partículas a atraer.
Entonces.... por que no te buscás/comprás el flyback de un televisor (cuantas mas pulgadas mejor) y lo excitás por PWM ?
Los valores típicos de salida son 20-30kV y ~1mA , aunque "nominalmente" está por debajo, tiene la ventaja que lo crítico ya está hecho, porque hasta los diodos de alta tensión los tiene incorporados.