Hay un programa que esta muy bueno en java que es el ImageJ (el entorno gráfico que le hicieron es feo, pero es lo de menos), incluso te dan el fuente.
No necesariamente si puedo resolver el refresco en pantalla desde C/C++ con el Opengl en la ventana que me crea java, algo que hago con C#, es decir, solamente lo uso como interfaz de usuario y le paso el puntero de por ej. un panel de la ventana a la parte hecha en C++.
