le quieres poner la de 12V en lugar de la de 6V?
Si puedes hacerlo; lo que debes tener cuidado es asegurarte que al motor NO le lleguen mas de 6V, a traves de un regulador de voltaje. El problema es que te va a consumir una corriente extra que hara que te dure menos la bateria
Lo mas sencillo es que pongas a bordo una bateria 12V exclusiva para los neones.