Exacto. Puesto que vas a utilizar bastantes entradas, mira si te convence utilizar un expansor de puertos por SPI (añade dos puertos más al micro, 16 pines IO más, e indicador de cambio de estado por interrupcion, el mcp23s17), o puedes utilizar varios hex inverter con pin de enable en cascada, es decir, 8 pines desde el micro hacia la salida del hex inverter, y un pin mas desde el micro hasta el pin de enable del hex inverter.
Por ejemplo, con 13 pines del micro (8 lectura + 5 de control de enable, uno por hex inverter) puedes leer 8x5= 40 entradas... y por cada hex inverter mas, te consume un pin y lees 8 entradas mas.
Los codigos serían, habilitas el pin de enable de un hex inverter, lees todos los canales. Lo apagas. Habilitas el siguiente.... y así con todos.
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Edito, al decir teclado midi pensaba en uno tipo organo con sus entradas independientes, considera si te interesa separar los pulsadores.
Un saludo.
Con esto no tendrías problemas de simultaneidad ninguna