La pega es que si usas una sola fuente puede que cargues una a 16 y otra a 12 y te creas que están perfectas las dos porque la suma da 28 cuando en realidad una la has roto por cargar demasiado y la otra no la has cargado nada. Además las baterías son diferentes ya de origen.
Necesitarías un balanceador de carga adicional.
Es totalmente cierto que la batería internamente son baterías más pequeñas en serie y que lo mismo le puede pasar internamente a cada batería, pero ahí ya no podemos hacer nada, hay que confiar en que cada fabricante hizo los vasos idénticos, o que en su caso lleven balanceador interno y que funciona (algunas lo llevan, de litio sobre todo)
Como lo más caro de todo el conjunto es el transformador, me parece a mi que saldrán más baratos tres de 12V 1A o de 0,8A que uno de 36, sencillamente porque son más comunes, son más fáciles de encontrar etc.
Los tres de 12V "no se lían" porque los transformadores tienen aislamiento galvánico. Los + y - SOLO tienen relación uno con el otro en CADA transformador. Un transformador respecto a otro está aislado y lo puede unir a donde quieras por UN PUNTO y no hacer cortocircuito, si los unieses por dos sería otra cosa. El transformador central está unido por dos puntos pero sólo por uno al de "arriba" y también por uno al de "abajo" así que no hay problema.
A los de 12 se les puede limitar algo la tensión de salida con algo sencillo como diodos en serie, o un transistor + zener + resistencia o algo así. Nuevamente para 1A 12V saldrá barato y sencillo valen diodos "normales", transistores " normales" etc...
Hay dos ventajas adicionales relacionadas con el mantenimiento:
Si se rompe se romperá sólo una parte y la reparación será de un tercio. Para salir del paso mientras se repara puedes cargar con otro cargador que funcione manualmente, aunque obviamente se tarda el doble y hay que conectar y desconectar.
Otra es que cuando alguna batería se agote se puede cambiar por cualquier otra medio parecida. Al llevar cargador independiente su resistencia interna etc no influirá.
Hacer una fuente completa con regulador etc sería más gasto y poca ventaja ya que a las baterías de plomo incluso les viene bien algo de rizado para limpiar las placas. Pero no digo que esté mal, ojo.