Para cambiar de color la señal tenes que hacer lo siguiente.
Vas con el puntero del mouse a la net (cables del circuito, lines que unen los comopnentes, jaja no se como decribirolo espero que se entienda) con la cual tomas la señal y haces click con el boton derecho. En el menu que se despliega debe aparecer algo asi como Wire Color o Segment Color. Entras ahi y le cambias el color. Cuando entres en el osciloscopio la señal se deberia ver del color que vos seleccionaste.
Espero te sirva.