Sony Vegas o Adobe Premiere son dos software de postproducción que se usan para ello, sustituyes el audio y lo sincronizas en la línea de tiempo, es algo normal en la industria.
Particularmente he usado el adobe encore C4 portable, dado que el C6 esta aspero con los requisitos. Son programas profesionales y bastante complejos, pero con paciencia y un tutorial, dan muy buenos resultados, incluso se puede usar programas como el adobe after efects como para maquillar el video
Hay una experiencia, que bueno, en su momento que realice la reautoria de un dvd para agregarle los subs creados por mí, dado que su versión original nunca los tuvo, y pues no estaba muy conforme con la calidad del dvd original (edición única y lamentable

, y nada de hd ni fullhd). Así que emplee el adobe after efects para eliminar granulado e imagen desentrelazada, y luego de tirarse como 50 horas, trabajando frame por frame, quedo mucho mejor.
Ahora, la gracia, pues que en un principio quería encontrar un programa más sencillo y que fuese eficiente, y en la busqueda y entre ensayos y errores, pues termine perdiendo más tiempo que poniendome a ver detenidamente el tuto del after efects

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Tiene incluso una función estabilizadora si es que la filmación temblequea mucho
