Si estás usando el 74LS192 estarás usando entonces dos, uno por cada dígito. Cuando pasa de 99 a 00 las patas TCu de ambos se ponen a 0. Así te enteras de que ha llegado al límite y debes entonces pasarle el reloj a la pata del reloj de resta y dejar el de suma en alto. Una vez vuelva a 00 supongo que querrás que de nuevo suba, por lo que hay que intercambiar relojes y valores en alto. Esto sólo se puede hacer teniendo un bit de dato que sepa si está sumando o restando. Te ofrezco una solución en la imagen.
Las puertas nand que salen de los TC verifican si has llegado a 00 por arriba o por abajo, y activan el bit correspondiente de la báscula RS que le sigue. Como está realimentada, cuando desaparezca la señal anterior seguirá señalando una y solo una de sus salidas. Así ocurrirá hasta que baje a 0 donde la otra señal se activará cambiando entonces los valores de la báscula. La nand que va a al contador de subida y de bajada sirve para ver si su bit está a 0 o 1, dejando pasar o no la señal de reloj; como es nand, dejará la otra al valor 1. Creo que funciona, no lo he probado, eso te toca a ti.
Un saludo.