salu2 muy simple tu diseño, la pregunta seria:
1-cual es la frecuencia de entrada, no sera mayor a la que responde el circuito? (recorda que un cd 4049 es de menor velocidad que un 74hcd4049)
2-esta pregunta no es por subestimarte, no me la tomes a mal, pero pusiste la pata 1 a vcc y la 8 a masa???? fijate bien porque en este integrado en particular las patas de alimentacion no son la pata 8 y 16 como la mayoria de estos integrados, fijate en la hoja de datos
http://www.datasheetcatalog.org/datasheets/70/109093_DS.pdf
-si conesctaste la pata 8 a masa y la 16 a vcc es posible que te calinte el integrado porque tiene masa y la tension le llega por la tension de la señal entrante( esto es una teoria suponiendo que la pata de alimentacion la conectaste a la 16) si paso esto probablemente se jodio la entrada del negador(tambien es una teoria)
3- la señal de entrada llega bien? si no tenes osciloscopio en la entrada pone un uno o un cero y sigguiendo la logica del circuito medi con un tester en los puntos 1 2 3 y 4 de tu esquema , si en algun punto la señal no es la que corresponde yo revisaria de nuevo las conexiones de la protoboard.
nota: yo prndria una resistencia entre la entrada y vcc , una de 100k no menos, asi no tenes un punto flotante que te meta ruido en el circuito
salu2 y suerte