Los LED funcionan por corriente y el 74LS90 no creo que pueda proporcionar la suficiente para encender bien un LED.
Cuando mucho el 74LS90 ha de proporcionar unos 8 mA porque no está diseñado para controlar LEDs y un LED común requiere 10 mA como máximo, aunque también depende el color del LED.
Así que con una resistencia de 330 Ω aún estás limitando más la corriente.
No te recomiendo que la bajes para aumentar la corriente en el LED porque el chip podría dañarse.
Lo más conveniente sería agregar un transistor por LED.
Ahora que, en la simulaciones de Proteus no se dañan los chips, así que puedes establecer las resistencias como digitales y los LED encenderán al máximo.
En cuanto a que no se muestren más números es porque estás generando un reset con Q2
O sea que cuando el conteo llegue a 2 el contador regresará a 0
Si quieres que el reset se genere al llegar a X número tendrás que usar compuertas.
