Bueno Amigo, ya que disponemos del resto de las señales, de ntro. encoder, puedes comparar en cada paso si ocurre un incremento o decremento, por ello podras conocer el sentido de giro.
Debes cuidar el detalle cuando ocurre un overflow o bien un underflow, es decir cuando la cuenta llega a su max. para luego comenzar en 0 o viceversa, (todo ello depende si tu encoder entrega los datos codificados), en estas circunstancias debes ignorar los datos para evitar un "engaño sobre el cambio de sentido de giro".