Ni tanto, si estás sobre el arduino 1 >> manda el arduino 1, no el micro.
Para nada. Arduino tan solo es una tarjeta con pines, y lo que manda en cualquier tarjeta de este tipo, es el microcontrolador.
La única "ventaja" del arduino para los novatos, es que tiene un IDE sencillo y muchos programas de libre acceso.
De hecho, esto es un truco con maña para que la gente compre los arduinos.
Al microcontrolador le implantaron un bootloader para su fácil programación desde el entorno.
De ahí en fuera, el ATmega328 del Arduino UNO, colocado en un protoboard, se comportaría de la misma forma que en la tarjeta.
En este sentido, entonces; ¿Quién manda? ¿El microcontrolador o el protoboard?
Si le borro el bootloader al micro, tendría un ATmega328 normal, pero si lo pongo con el bootloader en un protoboard, tendría mi boarduino.
Y en cualquier caso, sigue mandando el microcontrolador.
Si eso no fuera posible, el microcontrolador perdería su nombre.