Como ya mencioné pueden usar los displays marcados como MPX con esos no hay problema en los circuitos donde se usan los displays multiplexados, otra opción es dividir el circuito en varias partes independientes (si es posible) y simular cada una.
Hay algunos otros trucos que a veces uso para que las simulaciones corran, por ejemplo quitando todo lo que de antemano se que va a funcionar bien cuando arme el circuito, si puedes pasame el archivo .dsn y lo verifico para ver si te pudo dar algunos tips, no olvides mencionar que versión de Proteus tienes...
Saludos.