si por ejemplo se trata de un integrado que dispone de 4 puertas logicas, y una de ellas no la vas a utilizar, puedes conectarla indistintamente al negativo o al positivo, e incluso si trabajas con Cmos puedes conectarla a donde esten conectadas otras entradas o bien a cualquier salida de otra puerta.
Lo importante es que esten conectadas a alguna parte, yo cuando realizo el esquema no la conecto a ninguna parte, y al realizar el PCB la conecto donde mejor y mas cerca me viene, y luego procedo a terminar de completar el esquema.
Esta forma de proceder lo hago tambien con los microcontroladores, realizo el PCB situando algunos pines donde mejor me viene, y luego en el programa los configuro tal y como los coloque en la pcb.