Tengo varios boost controlados por corriente que hice para unas lampara portátiles LED (suben a unos 33V lo que haya en la entrada para alimentar diez leds en serie por cada lámpara). Con una celda de 3.7 nominales cada lámpara y cada celda de 2000mAh me dura entre 8 y 12 horas con buena iluminación (uso celdas recicladas de baterías muertas de ordenadores portátiles así que algunas están en mejor y otras en peor estado). Ya hace tiempo diseñé un cortador de voltaje para baterías de litio con muy pocos componentes, pero el caso es que muchas veces se me olvida alguna lámpara encendida y el driver, basado enteramente en el MC34063, deja la celda en 2V o menos. A día de hoy ninguna celda se ha muerto ni ha bajado significativamente el rendimiento por lo que no me he molestado en añadir el circuito de corte en las lámparas. Es más, un pack de celdas que en el cargador nunca se terminaban de cargar porque se ponían ardiendo en carga, noté que una de ellas que se le había quedado en 2V varias veces con el tiempo terminaba de cargar así que hice lo mismo con las 5 baterías restantes deliberadamente, y ahora ya no se calientan y terminan el ciclo de carga.
Por otro lado, si que uso un par de celdas en serie con un booster basado en el LM2577 para hacer funcionar un router 3G durante unas 4 horas, y si que ha pasado que cuando el booster ya no puede aguantar los 12V en la alimentación del router, el router se apaga. Y en el último tramo de descarga las baterías se llegan a calentar ligeramente. Si las dos baterías estaban equilibradas en carga, no pasa nada, se quedan en unos 3.5V en vacío y se vuelven a poner en carga. Si una de las celdas se descarga más rápido que la otra y se queda el booster encendido, la que tiene mayor carga acaba provocando inversión de polaridad en la que se ha agotado antes y esa celda se me ha muerto.
Así que sobre mi experiencia, es mejor cargar las baterías en paralelo y usar un boost para llevarlas al voltaje que quieras, que usarlas en serie sin sistema de protección individual por cada celda.