Amigo Thomy, el trazado de rutas lo he hecho siguiendo el archivo *.sch que tú mismo posteaste aquí. En ningún caso se han hecho cambios a tu circuito a excepción de la posición del jumper. Si hay algo invertido en el PCB, es porqué está invertido en el esquemático y eso, lo deberás corregir tú mismo.
Yo no tengo idea de qué estás haciendo, ni es de mi interés. Tu pregunta fue en función de solicitar ayuda con el trazado de rutas del PCB y, a eso me he limitado, sólo para que puedas darte cuenta de que sí se puede hacer.
El programa (Eagle) no cambia la posición de los componentes y no es posible hacer cambios en el PCB sin hacerlos previamente, en el equemático.
Si debes hacer algún cambio, eso es de tu competencia, así que, adelante.
Saludos: mcrven