Cuando dices que suena un tono por debajo ¿ te refieres a que, por ejemplo un Fa suena como un MI o que suena una octava por debajo ?
Pareciera que lo primero. Si es así puede que el potenciómetro marcado a la derecha controle la frecuencia de los tonos. Pero OJO!, hay que ver que es lo que hace ese integrado mas que nada porque no se que es y sin diagrama es difícil saber. Si es un VCO puede que si, de ahí puedas ajustar los tonos. (También puede deberse que el capacitor C2 o alguno de la etapa de alimentación este fuera de valor dado el tiempo que tiene ese órgano).
Ver el archivo adjunto 265061
Me gusta como hicieron el sistema para detectar la tecla presionada:
Ver el archivo adjunto 265062
Dependiendo de como funcione, también ese puede ser el problema, mas aun si la tonalidad esta desfasada en algunas teclas. (Debido a la corrosión y la alta resistencia en los contactos que eso puede ocasionar).
También puede darse el caso que ninguno de las dos opciones anteriores sea el problema

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(Unas fotos de interior con mas resolución y que se vean las designaciones de los integrados no vienen mal. Quizá no ayuden a reparar el órgano pero si a incentivar a los curiosos que nos gusta ver las cosas por dentro... suena feo... si.. pero ¿ que le vamos a hacer ?).