La diferencia entre un transistor PNP y uno NPN, es que el PNP es un transistor formado por 3 junturas en ese orden: una juntura P, una juntura N, y una juntura P. El NPN es una juntura N, una juntura P, y una juntura N.
Qué es una juntura P o N?
Bueno, un diodo es una juntura PN o NP.
Una juntura se forma teniendo un material semiconductor (silicio el más usado) e insertándole por los costados algún otro elemento con 3 electrones en el ultimo nivel por un lado y con 5 electrones en el ultimo nivel por el otro lado.
Si le insertas un elemento con cinco electrones en su ultimo nivel, una vez que este penetra al silicio, el silicio se transformadorrma en material tipo N.
Si le insertas un elemento trivalente, el silicio se hace material tipo P.
O al revés.. no recuerdo bien.
Todo esto es muy extenso, y es un tema que cualquier libro de semiconductores te va a explicar. Incluso en la wikipedia puede que encuentres esto bien explicado.
El diodo tiene un comportamiendo más o menos fácil de explicar... el transistor se complica bastante más.
Te recomiendo leer esto:
http://es.wikipedia.org/wiki/Semiconductor
http://es.wikipedia.org/wiki/Diodo
http://es.wikipedia.org/wiki/Transistor
Fijate en el sentido de la corriente convencional de emisor en el PNP y el NPN. Son distintos. El PNP "PeNetra" al nodo, y el NPN "NoPeNetra".
Bueno, un día un profesor dijo que el NPN era más usado porque para obtener una corriente convencional de emisor que no penetre, había que polarizar al transistor con tensiones positivas y que era por esa simple razón que se usaba mas el NPN.