Hola, lo que creo que querés hacer es activar algo cuando reciba una señal de luz infrarroja desde un emisor remoto, no?
Bien, si es así, el fototransistor o lo que uses como receptor no sabe distinguir la luz infrarroja que vos le mandás de toda la otra luz ambiente, por lo tanto, si querés que sature con un simple LED, si abrís una ventana y entra el sol va a saturar también.
Lo que tenés que hacer es emitir con tu LED un "tono", es decir, con un oscilador hacerlo prender y apagar a una frecuencia determinada como dice el amigo.
Después en el receptor, no ponés a saturar el fototransistor, lo que hacés es mandar la señal que recibas a un detector de tonos tipo LM567 sintonizado a la misma frecuencia con que emite tu LED.
De esta manera, al fototransistor le llega la luz ambiente que es muy constante, "de baja frecuencia" y también le llega una señal modulada de mayor frecuencia que es la de tu LED. El detector de tonos, si encuentra este tono en su entrada, activa una salida.
Así no te molesta la luz ambiente.
Acá te dejo un link con algo parecido
http://www.pablin.com.ar/electron/circuito/varios/proximid/index.htm
Bajate la hoja de datos del LM567 y fijate como calcular todo.
Lo podés usar como detector de tonos y como oscilador. Yo te recomiendo que el oscilador del LED sea un 567 con la misma resistencia y capacitor que el 567 que va a estar como receptor.