Hola.
Primero, puede que te estés complicando mucho más de lo que necesites.
Necesitás precisión? Cambia mucho si el pulso es de 1,1s o de 0,9?
Si querés hacer un circuito básico básico, te recomiendo 2 LM555, uno astable y el otro monostable, para generar el PWM más básico (y pedorro...) de todos.
Como mencionaste segundos, y el 555 no opera bien a bajas frecuencias, podés usar un oscilador de cristal, y eso mandarlo a un divisor de frecuencias que te active un monostable, el cual generaría el ancho de pulso deseado.
Otra, es usar bastante memoria del micro, generando un contador. El módulo PWM depende del clock del cristal, entonces, podés usar una interrupción que cada ciclo (con prescaler al máximo, obvio) aumente en 1 una variable de 8 o 16 bits.
Si querés usar menos memoria, y la aplicación que necesitás no maneja displays ni nada que requiera velocidad, podés usar el oscilador interno, o uno de la mínima velocidad que el micro acepta.
Y para lo regulable, por ahí necesites el ADC del micro, controlado por el pote...