Ciclo util > a 90% eso es muy malo, imagino que se ha de calentar bastante, para remover ese ruido a la salida debes agregar un filtro de buen desempeño, generalmente basta con una bobina y un capacitor adicionados al tipico capacitor de baja resistencia interna formando un filtro con forma de PI (capacitor - bobina - capacitor) Creo que eso seria suficiente. POr cierto 25Khz es muy poco para un boost, prueba a aumentar esa frecuencia y disminuir el ciclo de trabajo, eso tambien trairia una reducion en el tamaño de los componentes utilizados