7812 no regula pero funciona ??

Puedes hacerlo independientemente de la otra placa, safa el otro extremo del cable naranja y allí mismo haces el puenteo metiendo un alambrito en ambos pines que son GND. Veo que el transformador utiliza un conector aparte así que no habrá problemas.
 
Creo que habría que aclarar algunas cosas, primero esos 40V no son tan asi, en realidad tenes +20 -20 con una masa común, por eso los electrolíticos no explotaron, y segundo he visto en alguna ocasión que no todos los 7812 tienen la misma distribución de patas, busca info en todo los lados posibles que podes llegar a tener uno de esos y la entrada y salida no coinciden.
 
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