No se entiende el problema, el clean sería el pedal en bypass, con el efecto activado deberías escuchar distorsión.
Lo normal cuándo armamos pedales es no usar en la etapa de pruebas el switch, cableamos directamente el jack in al input de la placa y el jack out al output de la placa, obviamente tambíen la alimentación.
Si no suena distorsionado (pero el audio pasa) revisá que hayas colocado bien los diodos, son los encargados de limitar la salida de audio (produciendo recorte).
EDITO: perdón, no había visto la foto de la protoboard, cableaste bien pero se ve muy raro todo, ¿estás seguro que los discos azules son capacitores y no NTC's?
La entrada o la salida (el jack que se ve) no tiene capacitor de paso, ¿estás seguro que no confundís la entrada por la salida?, le pasa hasta al mas experimentado.