Mira.. la superventaja de la plataforma Arduino sobre un kit comercial es que al ser abierto lo puedes adaptar a tus necesidades...
Entiendo que el sistema de programacion de Arduino no es exactamente C, sin embargo no estas obligado a usar ese sistema.. solamente la parte del codigo que realiza la carga del programa via USB, y el resto de tu programa lo puedes compilar usando el AVR studio con la libreria de C
Incluso puedes solo usar el hardware de Arduino y cargarle con algun programador externo (como el STK500) tu propio programa... o realizar tu propio "socket" con el Pinout de programacion y programar directamente el AVR sin quitarlo del socket...
En la web de Atmel hay gran cantidad de programadores open source y documentos tecnicos que explican como programar el AVR sin comprar un programador... tambien en este foro hay desarrollos independientes de programadores de AVR