Buenas. Yo hice hace años un ordenador de abordo para una lancha, suena muy parecido a tu proyecto. Empecé buscando caudalímetros para bajo caudal. Por muy bajo que fuera la calibración, al final al ralentí el sensor nunca se movía. Era un sensor de hélice con un transductor magnético. Daba 3.600 pulsos por litro o algo así. Como precisión electrónica es válido pero la sensibilidad mecánica a bajos caudales no funcionaba. Además cada prueba de nuevo sensor costaba un dinerillo.
Al final cambié totalmente de enfoque. Como el motor es de inyección electrónica, lo que hice fue mediante un optoacoplador poner un "vampiro" a cable de un inyector (van todos en paralelo) y así metía en una entrada digital del micro la señal de apertura de inyectores, diréctamente proporcional al consumo. Lo que hacía es por cada segundo, medía cuantos milisegundos estaba a 1 la entrada. Luego tienes que hacer cálculos para saber a cuantos litros/hora equivale cada valor digital.
Para mi fue la única solución.
Efectivamente como te decían antes, por mucho que midas el caudal de combustible que entra en el motor, debes también medir el que sale, pues suele haber un retorno para evitar burbujas y para ajustar la presión de inyección al valor ideal.
Saludos y suerte