Coincido que, si no pones el diagrama y el mecanismo de control, no sé qué hay que limpiar, cuando el motor se apaga por el PWM, van a ocurrir 2 cosas, una es una inversión de voltaje en la bobina al perder corriente súbitamente y otra es una generación de voltaje por la autoinducción al ser un motor de imán permanente.
En ese diagrama que publicas no tiene sentido alguno usar un puente H, solo usa uno de los drivers y coloca la otra terminal del motor directa a tierra para reducir el efecto del otro transistor, quizá eso ayude a mejorar el frenado, pero considera que no es posible eliminar todo el retorno.
Y por favor usa el símbolo de tierra en lugar de hacer un montón de líneas que solo confunde la interpretación.
Edito: Ahora que veo tu circuito más a detalle, el L293 sobra completamente cuando bien puedes usar un transistor ya que estas mandando las entradas de control directo a los rieles de alimentación, lo que significa que estas operando el motor en modo de giro libre con el PWM y para eliminar el retorno debes hacerlo en el modo de frenado invirtiendo la señal de control para forzar que la corriente haga retorno sobre sí misma y se anule. Puedes mejor dejar EN directo al V+ y usar el PWM sobre el pin de control, pero considera que, a fines prácticos, más que el forzar la onda más cuadrada posible, no tiene mucho sentido en un motorreductor donde el engranaje ya ejercerá mucha fricción en giro libre, pero si quieres "limpiar" la señal, adelante. Algo así:
Ver el archivo adjunto 312272
