El problema con el uso de simuladores y protoboard es que la tendencia que toman es a diseñar "por tanteo"...y de hecho, hay muy poca gente que sabe como usar un simulador y que sabe como medir en una prueba real, y eso requiere formación adicional a solo "tener el programa".
La mejor solución es un análisis teórico donde se especifiquen las condiciones y parámetros de funcionamiento, y se ajuste el diseño a ello. Luego se usa el simulador para encontrar problemas, deficiencias o errores...y por último se implementa el hardware y se mide...claro que hay que tener el instrumental necesario....
Empezar por cualquiera de estos pasos sin respetar la secuencia es una garantía del ir al fracaso...aunque a veces es factible eliminar alguno de ellos, en particular el de simulación.
Simuladores "mas específicos" hay varios, pero dependen de que especificidad te refieras. Para electrónica analógica y parcialmente digital, el que me gusta es el SIMETRIX, pero no tiene los juguetitos que les gustan a los no-iniciados, tales como voltímetros, osciloscopios y esas cosas. Este te genera las curvas correspondientes a cada tipo de simulación que elijas, y te dá la posibilidad de tomar medidas de subsecciones de esas curvas...o de toda la curva generada. El problema es que hay que saber lo que estás haciendo....