A ver si acierto:
El circuito trata siempre de arrancar, sin importar la temperatura, y el segundo BC548 se quema.
Lo primero se debe a que el primer 548 va a tener un Vbe de alrededor de 6V casi constantemente. Pensá que el NTC no va a tener una resistencia mucho mayor a los 100 Ohm en temperaturas "normales", así que en serie con el pote de 10k podemos decir que da 10k de resistencia. La resistencia con la que forma el divisor de tensión es de 10k también, con lo que quedamos (en el mejor de los casos) con 6V en la base del 548. Conduce.
En el siguiente divisor tenés 220r y 1k. Redondeando, cae 1V en la R de 220r y 5V en la de 1k. O sea, el segundo 548 tiene 5V en la base. Conduce.
Hasta ahí el porqué intenta arrancar siempre.
Lo del segundo transistor quemándose: La corriente que pueden manejar estos bichitos es poca, del orden de los 150mA como muchísimo. Entre los dos motores hay bastante más corriente.
Y si no revientan por eso, el pico de disipación al arrancar los va a quemar.
Te recomendaría que reemplazaras ese transistor por uno que maneje más corriente y tenga más disipación de potencia (o hacer un arreglo con un relé, que andaría más lindo) y en la etapa de control achicar bastaaaaaaaante los valores de las resistencias/potenciómetros para adecuar todo al NTC que tenés (mirá el datasheet y fijate los rangos de resistencia que maneja).
Saludos