El problema que tiene el video que pusiste es que la botella se tiene que mover lenta, porque la rueda de madera es muy fina y solo empuja el medio de la botella y asi la desestabiliza, a tu rueda agregale mas superficie de contacto, o al piso ponele rieles siguiendo el circulo para disminuir la superficie de contacto y asi se desplaze sin tanto arrastre,
Para el método de llenado haría como en el video, un opto que detecte la botella, la boquilla de llenado baje y lo llene, si queres otro método podes usar switch de palanca que al tocar la botella baje la boquilla de llenado (pero a la larga va a tener mas desgaste mecanico) y para el llenado hacele una marca a un envase (supongamos para 250ml) y anda tomando el tiempo que tarda en llegar a la marca, y así con cada una de las medidas que necesitas, tendrías que controlar la boquilla de llenado con algún temporizador y que este mismo al terminar eleve la boquilla y haga que la rueda siga girando.
Si te es muy molesto hacer que la boquilla baje, hacelo mas simple, pone una altura al llegar al opto, hilando bien finito hace que mediante la altura la boquilla entre al pico del envase (la boquilla esta firme) y al entrar al opto que comienze el llenado.
Te pregunto, porque elegiste la rueda? dado un momento se te va a atascar botellas por donde entran. Y otra cosa muy importante, ponele una baranda, porque sino la botella se va a salir de la muesca por la accion centrifuga, asi como esta se te van a salir.
Ojo no soy ningún ingeniero ni técnico ni nada, soy un simple loco nomas, ojala te sirva, saludosssss

Edito, te agrego un grafico, (a veces no soy bueno con la palabras)
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